Алексей Ботян встретил войну 1 сентября 1939 года в составе зенитного расчета польской армии.
После капитуляции Польши воинская часть, где служил Ботян, сдалась Красной армии, освобождавшей оккупированные поляками запад Белоруссии и Украины.
В начале Великой Отечественной войны его зачислили в разведывательную школу. В 1943 году Ботяна направили в составе разведывательно-диверсионного отряда в Житомирскую область Украины.
В сентябре прошла операция по взрыву областной администрации Овруча под руководством Ботяна – там собрались специалисты по борьбе с партизанами из Германии.
В январе 1945 года Алексей Ботян узнал о замысле фашистов подорвать плотину водохранилища на реке Дунаец.
Планировалось, что вода остановит наступление советских войск и затопит город Краков. Группа Ботяна заминировала склад взрывчатки и боеприпасов в Ягеллонском замке, и планы Германии удалось предотвратить.