Он признан виновным в организации двух убийств в Красноярске в 1994 году. По версии следствия, у члена группировки Александра Наумова произошёл конфликт с Быковым из-за несправедливого распределения выручки. Сразу после ссоры перед машиной Толи Быка взорвалась мина.
Бизнесмен заподозрил в организации покушения Александра Наумова и его приятеля Кирилла Войтенко, и «заказал» их криминальному авторитету Владимиру Татаренкову. 24 июля 1994 года Войтенко и Наумова расстреляли в упор. Анатолий Быков вину так и не признал.
Дело о двойном убийстве только одно из четырех уголовных дел в отношении бизнесмена.
Еще три находятся на стадии следствия: Быкову инкриминируют покушение на вице-президента региональной федерации бокса Андрея Грабовского в 2004 году, подстрекательство к убийству предпринимателя Андрея Неколова в 2005 году, неуплату налогов и создание преступного сообщества.