С 11 января 2004 года Маргарян участвовал в трёхмесячных англоязычных курсах программы НАТО «Партнёрство во имя мира» в Будапеште. Ранним утром 19 февраля он был убит.
Убийца — азербайджанский офицер Рамиль Сафаров — нанёс 16 ударов топором по лицу спящего армянского офицера, тем самым почти отделив его голову от тела.
Напомним, что суд приговорил Сафарова к пожизненному тюремному заключению без права амнистии в первые 30 лет.
Судья объяснил своё решение особой жестокостью преступления Сафарова и тем, что тот не раскаялся в своих действиях.
31 августа 2012 года был передан Азербайджану для дальнейшего отбытия наказания, в тот же день был помилован Ильхамом Алиевым, получил в подарок квартиру и был повышен до майора, с выплатой жалования за восемь лет, которые он провёл в заключении.
Данное решение привело к разрыву дипломатических отношений между Арменией и Венгрией