Операция по депортации началась в 4 часа утра 18 мая 1944 года и закончилась в 16:00 20 мая. Для ее проведения были задействованы войска НКВД в количестве более 32 тысяч человек.
Депортируемым отводилось от нескольких минут до получаса на сборы, после чего их на грузовиках транспортировали к железнодорожным станциям. Оттуда эшелоны с конвоируемыми отправлялись к местам ссылки. В дороге ссыльных кормили редко и зачастую солёной пищей, после которой хотелось пить. В некоторых составах ссыльные получили еду в первый и в последний раз на второй неделе пути Умерших наспех хоронили рядом с железнодорожным полотном или не хоронили вообще.
Причинами выселения называлось дезертирство крымских татар из Красной армии, сотрудничество с немецкими оккупантами и расправы над советскими партизанами.
Массовое возвращение крымских татар на полуостров началось в конце 1980-х. В 1989 году Верховный Совет СССР принял декларацию "О признании незаконными и преступными репрессивных актов против народов, подвергшихся насильственному переселению, и обеспечению их прав".