Причина в специфике государства. Север и Юг страны это два традиционно конкурирующих региона. Южане более религиозные, северяне более светские. Южный регион были частью Кокандского ханства, северный - весьма условным вассалом.
В 19 веке южнокиргизские князья боролись за власть в Кокандском ханстве. И считали себя в праве владеть всеми землями киргизов. У северных киргизов племя сарыбагыш стало главным, и тоже претендовало на всю власть.
Собственно, в этом по сей день состоит суть внутрикиргизского конфликта и политики. Вечная борьба за власть идет между Севером, это чуйско-иссыккульский клан, и все то же племя сарыбагыш, и Югом, это ошский клан.
Даже в годы СССР первые секретари (до 50-х годов вторые, потому что первым был русский, ставленник Москвы) ЦК чередовались: южанин - северянин. И было всегда значимо, сколько в ЦК и министерствах южан и северян.
В годы независимости это никуда не делось. Только обострилось. В году 92-м всерьёз говорили о разделении страны, и кстати красный цвет флага это компромисс. Красный - цвет южан. Северянин Акаев отчасти этим смог тогда притушить накал.
Атамбаев северянин, Жээнбеков южанин. Он кстати был губернатором Оша, когда в 2010 там были столкновения киргизов и узбеков.
Так что нынешние события не конфликт только элит. Это куда серьёзнее. Юг против Севера.
И Юг - это особые факторы. Помимо более сурового ислама, это, ещё с 19-го века, контрабанда, и наркотрафик. Южные накобароны традиционно вписаны в местную политику.
Арест Атамбаева - покушение на права Севера. Его сторонники, это сторонники не лично Атамбаева, а, опять же, Севера.
Такая вот Игра престолов у наших границ. А знать это нужно, потому что у нас киргизов в России больше миллиона.