Официальный комментарий от пресс-службы Яндекса:
Действительно, показатель «количество страниц в поиске» в сервисе Яндекс.Вебмастер сейчас отображается неверно.
Проблема техническая, она коснулась только отображения данных по сайтам, а не того, как сами сайты представлены в поиске Яндекса.
В ближайшее время ошибка будет устранена. Мы приносим извинения пользователям за доставленные неудобства и просим ориентироваться на перечень страниц в разделе Вебмастера «Страницы в поиске», пока мы не устраним проблему.