Малинин был одним из протеже экс-главы ФТС Андрея Бельянинова.
Первым заместителем руководителя ФТС Малинин стал в мае 2007, отработав год обыкновенным замом.
В таможне Малинин курировал деятельность Центрального таможенного управления.
После обысков, прошедших у Бельянинова в июле этого года, и последующего увольнения с высокого поста (по собственному желанию) СМИ предвещали ряд перестановок в руководящем составе ФТС.