В первую очередь режиссер подверг критике мультфильм о времени президентства Бориса Ельцина, который демонстрируется посетителям музея.
«Если это и есть уважаемая история страны, то это ложь. Я не поверю в это. Вы говорите, что этот мультик о тяге к свободе. Где в этом мультике свобода, которая присуща нам, в этом рабстве? Та тенденциозность, с которой здесь показано время и в центре — Борис Николаевич, она в результате приносит больше вреда самому Борису Николаевичу. Это моя точка зрения», — сказал Михалков.
После этого пресс-секретарь Ельцин-центра Елена Волкова сообщила о намерении опубликовать в интернете резонансный мультипликационный ролик. По ее словам, режиссер покинул центр, посетив всего 20% экспозиций музея.
9 декабря Михалков на парламентских слушаниях в Совете Федерации заявил, что «в центре ежедневно осуществляются инъекции разрушения самосознания людей».
В ответ на это 10 декабря Наина Ельцина назвала заявление Михалкова «ложью и оскорблениями». После этого режиссер выразил свое сожаление тем, что огорчил Ельцину критикой.