По данным издания, Елисеев стал единственным военачальником из руководства Балтфлота, которого не затронула кадровая «чистка», устроенная накануне, 29 июня, министром обороны Сергеем Шойгу. От должностей были отстранены вместе с Кравчуком начальник штаба флота вице-адмирал Сергей Попов и еще около 50 высокопоставленных офицеров.
Оба вице-адмирала были представлены к снятию с должностей и увольнению с военной службы.
Шойгу принял решение по результатам проверки, которая выявила в деятельности руководства Балтийским флотом серьезные упущения в боевой подготовке и в повседневной деятельности войск. Руководящий состав флота не принимал все необходимые меры по улучшению условий размещения личного состава, не заботился о подчиненных, искажал в докладах реальное состояние дел.
29 июня военная прокуратура Украины направила в суд дело в отношении Елисеева, сообщило агентство УНН. На Украине его обвинили в госизмене, дизертирстве и «переходе на сторону страны-агрессора».
Сергей Елисеев в 1983 году закончил Калининградское военно-морское училище. После распада СССР он служил на Украине, 14 лет являясь заместителем командующего украинских ВМС и возглавляя гарнизон Севастополя.
После присоединения Крыма к России в марте 2014 года непосредственный начальник Елисеева — командующий ВМС Украины контр-адмирал Денис Березовский — перешел на службу в российские Вооруженные силы, став заместителем командующего российского Черноморским флотом. Елисеев стал тогда и.о. командующего ВМС Украины. В июле 2014 года он также перешел на службу в ВМФ России. Президент России Владимир Путин подписал тогда указ о назначении Елисеева на должность замкомандующего Балтийским флотом.