Уголовное дело в отношении руководства «Партнера» завели в 2017 году по жалобе представителей Фондсервисбанка. Банк выделил компании кредиты примерно на три миллиарда рублей. Затем в банке сменилось руководство, и кредитная организация решила, что сотрудничество с «Партнером» нанесло ей ущерб в 42 миллиона рублей. Банк признали потерпевшей стороной. Дело расследует московское управление Следственного комитета.
Вайншток сообщил, что решил уехать из страны после обысков у него дома и на предприятии. По его словам, после обыска ему на работу позвонили родственники и сообщили, что у подъезда дома его ждут оперативники. «Поняв, что полицейские ждут меня, я, вместо того чтобы уехать в их сопровождении в „Матросскую Тишину“, взял такси и отправился в аэропорт», — рассказал он изданию. Он добавил, что сейчас живет у друзей, не уточнив, в какой стране. Вайншток назвал преследование «частью плана рейдерского захвата» его компании.
ЗАО «Партнер» было создано в 1992 году и стало одним из первых частных московских предприятий (было зарегистрировано под номером 134. — прим.). Компания производила медицинские препараты на основе бифидобактерий — пробиотики («Бифидумбактерин», «Пробифор», «Флорин форте» и другие), а также продукты питания под брендом «Бифидок». До 2017 года она была одной из крупнейших в России и СНГ, на продукцию приходился 61% российского рынка лекарственных бифидосодержащих препаратов.
В октябре 2018 года Арбитражный суд Москвы признал «Партнер» банкротом по иску Фондсервисбанка (обслуживает предприятия космической отрасли, с февраля 2015 года находится на санации).
Другого совладельца и главу совета директоров «Партнера» Сергея Иванченко суд поместил под домашний арест. Члена совета директоров компании Николая Загородника отпустили под подписку о невыезде. Обоим предпринимателям вменяют невыплаты зарплат.
В июне 2013 года Зюзинский суд Москвы назначил реальные сроки в колонии бизнесменам Олегу Белькову и Андрею Пылинскому, признав их виновными в попытке захвата имущества «Партнера». По версии следствия, в 2009 году они угрозами заставили руководителей «Партнера» подписать договор о передаче им акций и документов предприятия за три якобы не возвращенных кредита на 14,2 миллиона евро.