Горьков почти год находится под стражей по обвинению в злоупотреблении полномочиями. Новое обвинение связано с мошенничеством при инвестировании «Роснано» средств в развитие одного из проектов в области нанотехнологий.
13 июня 2017 г. Горьков был арестован с санкции Басманного суда Москвы по обвинению в махинациях с деньгами «Роснано». В мае этого года ему был продлен арест до 9 июня. В рамках первого дела Горьков обвиняется в злоупотреблении полномочиями (ч. 2 ст. 201 УК РФ). Следствие считает, что в период с 2011 по 2013 г. он размещал от 460 млн до 740 млн руб. средств «Роснано» в банке «Смоленский» под видом расчетно-кассового обслуживания. Настоящей целью операций, по версии следователей, могло быть финансирование деятельности банка.
Горькову вменяется ущерб более 738 млн руб., которых «Роснано» лишилась в связи с отзывом лицензии у «Смоленского». Обвинение указывало, что накануне отзыва лицензии из банка были выведены активы в пользу родного брата Горькова. Речь шла о недвижимости на 400 млн руб.
В «Роснано» арест Горькова считают необоснованным.