Пичугин отбывает пожизненное заключение. Его дело будет пересмотрено в связи с решением Европейского суда по правам человека (ЕСПЧ).
В июне 2017 г. Страсбургский суд присудил Пичугину более 15 000 евро компенсации. Это решение было принято по жалобе Пичугина на несоблюдение принципа презумпции невиновности и нарушения при исследовании свидетельских показаний в российских судах по его второму уголовному делу.
Заявитель считает, что наиболее адекватной компенсацией нанесенного ему ущерба будет новый судебный процесс в России. В жалобе он потребовал выплаты в 100 евро за каждый день заключения, начиная с 6 августа 2007 г. до освобождения на время подготовки к новому процессу, плюс 13 000 евро компенсации нематериального ущерба.
В октябре 2012 г. Страсбургский суд признал, что были нарушены права Пичугина по статье 6 Европейской конвенции по правам человека, гарантирующей право на справедливое судебное разбирательство. Тогда суд постановил взыскать с государства в его пользу 9500 евро.
Пичугина судили по двум уголовным делам – по обвинению в организации убийств и покушений на убийства. По первому делу его судил суд присяжных и в 2005 г. он был приговорен к 20 годам колонии, по второму делу он получил пожизненный срок в 2007 г.
Свою вину Пичугин не признает. 24 октября заявившая о намерении выдвинуться на президентские выборы Ксения Собчак на своей первой пресс-конференции в новом качестве упомянула бывшего сотрудника ЮКОСа в списке тех, кого она считает политзаключенными.