По данным Следственного комитета, в 2010 году Фонд «Сколково» заключил с Пономаревым договор на выполнение научно-исследовательских работ, стоимость которого составляла 750 тысяч долларов США. По этому договору предусматривалось выполнение Пономаревым работ в несколько этапов с составлением соответствующих аналитических отчетов и получением рецензий международных научных организаций. Позднее, видимо, для того, чтобы нельзя было проконтролировать ход исследований, вице-президент «Сколково» Бельтюков подписал с Пономаревым дополнительное соглашение, которое снижало стоимость договора до 450 тыс. долларов США, однако фактически отменяло систему поэтапных отчетов. Таким образом, как полагает следствие, они создали условия для хищения средств «Сколково» в пользу Пономарева. Чтобы легализовать оплату суммы в 450 тыс. долларов, Бельтюков изготовил под видом научно-исследовательской работы два отчета, которые не представляли абсолютно никакой научной ценности и не соответствовали требованиям технического задания, и приобщил их к документам о расходовании денежных средств.
А для того, чтобы освоить оставшуюся сумму в 300 тыс. долларов США, Бельтюков заключил с Пономаревым еще один договор, по условиям которого депутат должен был провести курс лекций и семинаров на тему «Коммерциализация новых технологий». И через какое-то время Пономарев действительно предоставил в фонд документы о проведении таких лекций. Но когда следствие стало разбираться, что из себя представляли на самом деле эти лекции, каждая из которых оценивалась в среднем в 30 тыс. долларов США, оказалось, что это были короткие блиц-выступления от 3 до 18 минут, причем на мероприятиях, никак не связанных с заявленной тематикой. А по отчетам это были полноценные лекции. Таким образом, по версии следствия, Пономарев совершил пособничество Бельтюкову в растрате денежных средств Фонда «Сколково» на сумму более двадцати двух миллионов рублей.
В Главном следственном управлении также продолжается расследование по уголовному делу в отношении старшего вице-президента по развитию и коммерциализации некоммерческой организации «Фонд развития Центра разработки и коммерциализации новых технологий» (далее – Фонд «Сколково») Алексея Бельтюкова по признакам преступления, предусмотренного ч. 4 ст. 160 УК РФ (растрата).
В связи с тем, что Пономарев находится за пределами Российской Федерации следствие планирует инициировать его международный розыск с последующей экстрадицией для того, чтобы он предстал перед российским правосудием. Наряду с этим следствием будут предприняты меры для возмещения ущерба от этого преступления.
Руководитель управления В.И. Маркин